De récents travaux taxonomiques et phylogéniques ont montré que plusieurs sous-espèces pourraient être élevées au rang d'espèce. Elles sont présentées ici par leur nom scientifique sous forme trinominale avec parenthèses, exemple : Melanitta (nigra) americana, et leur nom français suivi d'un astérisque : Macreuse à bec jaune *. Sont aussi indiquées, sous forme trinominale sans parenthèses, quelques sous-espèces dont l'apparition en Europe est plus ou moins régulière, exemple : Buteo buteo vulpinus.
Les noms français sont ceux proposés par la Commission de l'Avifaune Française (CAF), organisme qui regroupe les représentants du Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), de la Ligue de Protection des Oiseaux (LPO), de la Société d'Etudes Ornithologiques de France (SEOF) et du Comité d'Homologation National (CHN). Quelques synonymes employés dans les autres pays francophones sont réunis à la fin de cette liste (CINFO, 1993).
Les espèces qui ont été observées en France sont caractérisées par leur catégorie A, B, C ou D (Ph. Dubois et P. Le Maréchal, Ornithos novembre 1996 vol.:3 fas.:4), et leur statut global: nicheuse, migratrice ou hivernante.